Fundación de San Salvador y la finalización de la conquista (1525 - 1540)

A finales de 1524 o principios de 1525 Pedrarias Dávila (conquistador de Panamá y Nicaragua) envió a Francisco Hernández de Córdoba a Honduras y este a su vez envió a Hernando de Soto hacia Olancho pasando por Nequepio (nombre con el que los indígenas Chorotegas conocían al Señorío de Cuzcatlán), ante esto Pedro de Alvarado envió a un grupo de hombres liderados por Gonzalo de Alvarado para fundar la villa de San Salvador; la villa de San Salvador fue fundada por Diego de Holguin y Gonzalo de Alvarado el 1 de abril de 1525 en un lugar desconocido. En 1526 estalló una sublevación indígena que obligó a abandonar la villa.

Entre diciembre de 1527 a febrero de 1528 Diego de Alvarado fue enviado a conquistar el Señorío de Cuzcatlán, lo cual logro, posteriormente la villa de San Salvador fue refundada por Diego de Alvarado en el sitio conocido como Ciudad Vieja, en el valle de la Bermuda, a 8 kilómetros al sur de la actual Suchitoto. Para 1528 se estima un aproximado de 90 pueblos conquistados y repartidos entre los españoles.  Desde 1529 a 1540 Luis de Moscoso, Diego de Rojas, Pedro de Portocarrero, entre otros capitanes del ejército de Pedro de Alvarado, prosiguen y ponen fin a la conquista y pacificación de El Salvador.

En 1530, una expedición al mando del capitán Luis de Moscoso termina la conquista de la zona oriental y fundó la villa de San Miguel de la Frontera. En 1530 Hernando de Chávez y Pedro Amalín (enviados por Pedro de Alvarado) conquistan el Reino Payaquí y derrotan a Copán Galel en Cítala, siendo apresado y ejecutado finalmente en La Ermita. En 1537 es vencido Lémpira (líder de una resistencia lenca) en Honduras. En 1540 el área de El Salvador es pacificada, quedando el actual territorio salvadoreño plenamente controlado por los españoles.